Carlos F. Natarén Nandayapa es profesor investigador en la Universidad Autónoma de Chiapas donde también dirige el Instituto de Investigaciones Jurídicas. Sus líneas de investigación y docencia se han desarrollado en los ámbitos del Derecho Procesal y la protección de los Derechos Fundamentales, así ha publicado estudios en materia de Amparo, del Ombudman, sobre la organización y estructura del Poder Judicial y, en general, sobre Derecho Procesal Constitucional, sin embargo, en la última década buena parte de sus estudios se han centrado en el ámbito de la reforma al sistema de justicia penal en México.
Fue Coordinador del grupo de trabajo del Código Procesal Penal Modelo que se elaboró en 2008 para la Comisión Nacional de Tribunales Superiores de Justicia de los Estados Unidos Mexicanos (CONATRIB). Fue Director General de Coordinación Interinstitucional en la Secretaría Técnica del Consejo de Coordinación para la Implementación de la Reforma Constitucional al Sistema de Justicia Penal (SETEC), en la Secretaría de Gobernación. Es autor de diversos libros y artículos publicados en revistas especializadas mexicanas y extranjeras y sus más recientes trabajos son Litigación Oral y Práctica Forense de Derecho Penal, publicado por la Oxford University Press, cuya 7a reimpresión se publicó en 2014 y dirige, en colaboración con Jorge Witker, la Colección de monografías sobre el Nuevo Sistema Procesal Penal Acusatorio del IIJ-UNAM en donde se incluye la obra Los Principios Constitucionales del Nuevo Proceso Penal Acusatorio y Oral Mexicano, que realizó en coautoría con José Antonio Caballero Juárez.
Fue Visiting Scholar en el Institute of Latin American Studies de la Universidad de Texas en Austin; fue miembro del Comité Académico del Doctorado en Derecho del Instituto Nacional de Ciencias Penales (INACIPE) de 2005 al 2010 y es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 2004, donde actualmente es reconocido como nivel II. Es egresado con mención honorífica de la Facultad de Derecho de la Universidad Autónoma de Chiapas en San Cristóbal de las Casas y es Doctor en Derecho Procesal cum laude por la Universidad Complutense de Madrid.